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Visual Studio Installer で、ActiveX EXE を含むインストーラを作成して、実際にインストールしようとすると、

というメッセージが表示される。継続を選択するとインストールは完了するが、ActiveX EXE がレジストリに登録されないままである。インストール時に登録するには、ちょっと設定をいじってやる必要がある。Google グループ: Visual Studio Installerについて が参考になる。以下引用。

1. レジストリエディタでActiveX EXEのCLSIDを調べて、メモっておきます。
2. プロジェクトエクスプローラの依存関係にActiveX EXEが含まれていることを確認します。（参照設定がされていれば、依存関係に追跡されると思います。）
3. プロジェクトエクスプローラの依存関係にActiveX EXEをクリックしてプロパティの中のRegisterプロパティを0（vsifrNone）を選択します。
4. プロジェクトエクスプローラから「関連付け」をダブルクリックして関連付けウィンドウを表示します。COMオブジェクトを選択して右ボタンクリックで「COMオブジェクトの追加」を選択します。このとき先にメモっておいたCLSIDを追加するCOMオブジェクトの名前として使います。
5. 追加したCOMオブジェクトのプロパティの中のComponentプロパティにActiveXEXEを選択します。
6. COMオブジェクトのプロパティの中のContextプロパティを2(vsiccLocalServer32)を選択します。

2004.08.05 追記
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/RegServer オプションで登録したときと同じにするには、上記の手順でクラスの登録をするほかに、ActiveX EXE そのものをタイプライブラリ登録する必要がありそう。まだ調査中ですが。